冬季大棚的肥水管理很重要，如果肥水管理不当，就会造成大白菜结球松散；秋莴笋将临近采收而茎部尚未膨大；黄瓜沤根、烂根、叶片黄化等不良现象。这种症状都是因为中后期缺少肥水造成的，因此，冬季要加强大棚内肥水管理。
施肥方面，要施足底肥，并且要注重有机肥和无机肥结合使用，中后期注意追肥。蔬菜开始进入生长旺盛期，需肥水较多，要及时浇水追肥。施肥时不要盲目增量，底肥过多会造成烧苗，冲肥量过多容易导致烂根、沤根。
浇水时间：应该选择在晴天上午浇水，这时水温和低温接近，低温也容易升高，且下午有充足时间排湿。一般不宜选择在中午，以免高温时浇水影响根系生理机能。尽量避免在旁晚和连阴雨时候浇水，避免蔬菜病害大面积蔓延。另外肥料靠水分输送，如果不及时浇水，既使基肥充足也不能得到充分有效的利用。
注意浇水量：水分过多时，土壤缺氧引起根须腐烂，地上部分茎叶发黄甚至死亡。当棚内温度比较低时，浇水次数要尽量减少，浇水量也有小，切忌大水漫灌，以防低温高湿导致蔬菜沤根。
控制水温：冬季温室浇水宜用地下井水直接灌溉，灌溉的水温不能低于2～3℃。平时浇水时水温尽量与当时地温相近，并且水量要小，浇水当天，要尽快恢复地温。同时，还要尽量排湿，如果湿度过大，很容易引起病害。
注意选择灌水技术：微滴灌可有效的控制棚内相对湿度，减轻病虫害发生，保持有效的光热资源，还能有效的控制水量，减少土壤深层渗漏和肥料流失，改善土壤结构和通气性，促进作物生长发育。